Ele também foi secretário de Estado de Energia e Assuntos Internacionais do Rio Grande do Norte e, em 2014, foi suplente na chapa de Fátima Bezerra (PT), eleita ao Senado. Em 2019, após a senadora ser eleita governadora do Rio Grande do Norte, Prates assumiu o mandato como titular até 2022, quando foi indicado para o cargo.